Свою тренерскую карьеру Геннадий Бондарук начал в ФК «Сочи-04». С июля 2008 по 2011 год являлся старшим тренером ФК «Жемчужина-Сочи», в июле 2012 был назначен главным тренером ФК «Динамо» Барнаул, летом 2013 вступил в должность главного тренера команды «Русь» из Санкт-Петербурга, в 2014 году находился в тренерском штабе раменского «Сатурна». С июня 2015 возглавлял «Ангушт», в 2016 был назначен главным тренером ФК «Сочи», а с 2018 года тренировал «Ленинградец».
Добро пожаловать в СКА Ростов-на-Дону!